二氧化氯發生器產出的二氧化氯消毒劑可以滅殺一切微生物，包括細菌繁殖體、細胞芽孢、真菌、分枝桿菌和肝炎病毒、各種傳染病毒菌等。
二氧化氯發生器對微生物的殺菌機理為：二氧化氯對細胞壁有較強的吸附穿透力，可有效地使氧化細胞內含琉基的酶，快速的抑制微生物蛋白質的合成來破壞微生物。二氧化氯的消毒能力和氧化能力遠遠超過氯氣，不會像氯氣那樣生成對人體有害的有機鹵化物和三鹵甲烷（致癌物質）。能有效的破壞酚、硫化物、氰化物等有害物質。二氧化氯消毒劑具有無毒、無害、消毒后的水果、蔬菜不用清洗便可直接食用的眾多優點。
二氧化氯的優點：
廣譜性：能殺死病毒、細菌、原生生物、藻類、真菌和各種孢子及孢子形成的菌體
高效：0.1ppm下即可殺滅所有細菌繁殖體和許多致病菌，50ppm可完全殺滅細菌繁殖體、肝炎病毒、噬菌體和細菌芽孢
受溫度和氨影響小：在低溫和較高溫度下殺菌效力基本一致
pH適用范圍廣：能在pH2～10范圍內保持很高的殺菌效率
安全無殘留：不與有機物發生氯代反應，不產生三致物質和其它有毒物質。對人體無刺激等優點：低于500ppm時，其影響可以忽略，100ppm以下對人沒任何影響
